Africa-Places.com listou aprox 61 hospitais dentro Cotonou. Alguns dos mais bem avaliados hospitais dentro Cotonou estão- Clínica Adjibade De Saint Martin, Hospital Area De Mènontin, Clínica Mahouna, Hospital De Zone Suru Lere, Hospital de Treinamento do Exército de Cotonou, Visão Clínica, Clinical De L'Union Vodje Cotonou, Hospital Materno-Infantil da Lagoa de Cotonou, Policlínica Atinkanmey & Health Center Anastasis.

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