Africa-Places.com listou aprox 12 universidades dentro Cotonou. Alguns dos mais bem avaliados universidades dentro Cotonou estão- Instituto Universitário "Les Cours Sonou", ESPAM FORMATION UNIVERSITY, ISCG BENIN UNIVERSITY, ESGT BENIN, ESEP O PASTOR, ESCAE-Benin University Campus de Cotonou, UNIVERSIDADE LA HEGJ BENIN, Universidade Africana de Benin Campus Akpakpa, Escola Africana de Economia & Escola de Pós-Graduação em Administração (ESM).